La academia filarmónica de flautas es un espacio dirigido a todos los flautistas de las diferentes agrupaciones de la institución y también egresados de las mismas. Con el fin de realizar un trabajo en grupo enfocado a la escuela flautista y a la música de cámara, donde se brinda la oportunidad de abordar las obras del repertorio camerístico parte fundamental de la formación musical y complementaria del trabajo orquestal.